两虫是2种严重危害水质安全的致病性单细胞原生动物，其卵囊或孢囊具有个体微小、致病剂量低、抵抗环境选择性压力强、易造成两虫病爆发流行等特点，呈多发性分布，因而需要用两虫检测系统进行检测以保证水质。
首先，便于协同调整水处理方案，水中两虫越多就需更多的处理以期降低其在水中的含量。
其次，自来水两虫检测系统，保护公众，因为两虫会影响饮用者身体健康，疾病后的救治成本远高于提前预防成本；
另外，自来水两虫检测仪器，一旦发生规模性得病，供水公司必将承担相应的法律责任。
EPA1623方法的操作
EPA1623方法的操作简介：
“EPA1623方法”是由美国国家环保局制定的用于测定水中隐孢子虫和贾第鞭毛虫的标准方法。概括地说，该方法分为三部。，对水样进行过滤，自来水两虫检测装置，收集水中的卵囊和孢囊；第二，利用磁分离来纯化过滤样品；第三，对纯化的样品通过荧光显微镜法来检测“两虫”的数量。
水样过滤：
将卵囊、孢囊及其他物质收集在过滤器上。该过滤器可用于实验室批量水样的过滤，也可以用于野外现场水样的过滤。
磁分离：
将离心后含有卵囊和孢囊的沉淀物用纯水混匀，并向其中加入磁分离试剂进行磁分离。其原理是：利用带有特异性的磁珠与样品中的目标产物G/C特异性抗原相结合，在磁场中选择性分离。
IFA 染色 & 镜检：
将卵囊和孢囊在井形载玻片上用磁荧光标记的单性和DAPI溶液着色后，用正置荧光和差分干涉相衬（DIC）显微镜对着色样本进行检测。
利用去除有机杂质，利用消除絮凝剂的影响
由于再生水的水质具有有机物、微生物等含量高的特点，自来水两虫检测，在样品预处理中需要去除各种干扰显微镜检查的杂质。另一方面，再生水目前采用不同的处理工艺，其中常规的混凝处理造成水中残留的混凝剂会影响两虫的分离。利用去除有机杂质，利用消除絮凝剂的影响，建立了应用于再生水的“两虫”检测方法。再生水进出水隐孢子虫卵囊和贾第鞭毛虫包囊的回收率分别为18%-31%和24%-95%，我国规定饮用水中两虫检测的初始回收率要求控制在10%-(GB/T 5750.12-2006)。
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