首先要进行接种和样品的淘洗和浓缩，饮用水两虫检测仪器，然后开始离心。
a. 两虫检测离心机应放在牢固的工作台或地板上，尽量减少晃动。
b. 平衡对称的离心管，和适配器、离心桶一起平衡，重量差别不超过0.5g， 尽量减少摆动。注意：如果离心管不被平衡则会产生额外的震动，影响到目标物的沉淀。
c. 设置离心机参数2000g，15min。样品在离心机中自然惯性停止，不可使用刹车系统急停。
d.用真空泵或蠕动泵吸取离心管中的上清液，饮用水两虫检测装置，在进口处装一个移液器以减少进口的真空力度。终留取5-8ml（可预先在管上做好标记）。流速控制在200±20ml/min。注意把移液管放到液面中心，山东饮用水两虫检测，接近液面处上吸取上清液，以减少沉淀的损失。
e. 将离心管中的剩余的浓缩液在涡旋混合器上混匀20秒。
f. 用缓冲液润洗移液器将所有液体转移至L型试管中。（注意：移液器需要用缓冲液润洗下，饮用水两虫检测设备，是为了避免移液管壁因干燥而将两虫挂壁。）
g. 使用纯水清洗两次移液管（如剩余体积为7ml，则每次1.5ml），并将清洗 液移入同一个L型试管中，每次冲洗后都要停留20秒再移出液体。
两虫检测离心机离心和移液结束后，再进行两虫的捕获和染色，然后分析检验的结果就可以判断两虫的情况了。
由于贾第鞭毛虫和隐孢子虫卵囊和孢囊的表面包裹着一层较厚的囊壁，因此具有非常强的环境抗性。常规消毒工艺的氯浓度不能有效灭活隐孢子虫和贾第鞭毛虫，它们通过水厂构筑物进入供水管网，威胁人们健康。传统检测手段有严重的滞后性，不能及时准确的报告水中有关两虫的信息。
两虫的危害
隐孢子虫和贾第鞭毛虫产生的卵囊和孢囊对环境有很大的抗性，人体只要摄入几个就会生病。
贾第鞭毛虫致病剂量为10~100个活孢囊，隐孢子虫致病剂量仅为1~10个活卵囊。
1.MF方法
水分析的典型的MF方法是通过使已知体积的水通过孔径足够小以消除细菌细胞（通常为0.45μm）的无菌膜过滤器来进行的。然后将过滤器无菌地转移到琼脂板的表面或用合适的选择性培养基饱和的吸收垫。允许在过滤器的表面上发育，并且可以直接计数和检查。MF方法快速且易于执行，需要很少的孵化器空间，并且可以处理非常大量的水。在过去30年中两虫检测系统已经成为用于指示生物的水的微生物检查的方法。
2.快速检测方法
虽然微生物水分析的大多数人仍然依赖于传统的培养方法和MF方法。但获得结果所需的时间比较长，对于一些特定的微生物我们可以使用一些快速分析法，比如利用定量PCR（QPCR）技术的方法可以快速检测指示生物菌和特定病原体，尤其是在MF分析法相结合时是快速有效的手段，但检测一些没有活性细胞时数据会偏高。
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